将军衙署的主题为军事文化和战争文化，拟进一步扩充军事历史文化展示内容，重点推出“清代八旗武备陈列”、“清代边疆六大政策与实效陈列”、“将军衙署历史陈列”等。将军衙署内举办有清代内蒙古八旗，清将军衙署复原陈列等展览。
