为什么明朝时倭寇骚扰中国，到了清朝没有了

清朝闭关锁国，加强了海禁，还有日本内乱，不满幕府的统治

清朝有倭寇，后来发动了中日甲午海战

1600年关原合战奠定了江户幕府的天下，1603年，德川家康于江户拜领征夷大将军，在江户设立幕府， 建立起统一中央集权的幕府统治，史称德川幕府或江户幕府，开始了二百六十五年的统治。
1616年，第二代将军德川秀忠禁止一切外国船只在大名领地通商，只能在长崎和平户从事贸易活动。中国船只不受此规定之限制。同时，加强了对朱印船贸易的管制，禁止西部大名拥有载重500石以上的大船，朱印状只发给与将军关系密切的京都一些少数豪商。
1623年，幕府下令禁止西班牙船只来日本。紧接着，从1633年2月到1639年7月，德川幕府连续五次颁布了所谓的“锁国令”。其中主要内容是：第一、禁止日本船出海贸易和日本人与海外往来，偷渡者要处以死刑；第二、取缔天主教的传教活动，对潜入日本的传教士应该予以告发和逮捕，以防止天主教在日本的蔓延；第三、对驶抵日本的外国船只实行严密的监视，贸易活动也由幕府进行严格的管制。这样，日本的“锁国体制”最终确立起来了。
所以说清代没有倭寇侵扰东南沿海主要原因是日本德川幕府颁布了“锁国令”