A、生物进化的实质是种群基因频率的改变，只要种群的基因频率发生了改变，生物就发生了进化，A错误；B、自然选择过程中，直接选择的是个体，进而导致基因频率的改变，B错误；C、地理隔离能使基因库产生差别，但不一定能导致生殖隔离，只有种群的基因库的差别足够大时才会导致生殖隔离，C错误；D、种群基因频率改变是产生生殖隔离的前提条件，D正确．故选：D．
