根据题意,先将1号球与2号球,看作一个元素,考虑两者的顺序,有A22=2种情况,再将1号球与2号球这个大元素与3号球、4号球进行全排列,有A33=6种情况,排好后,有4个空位,最后在4个空位中任取2个,安排5号球与6号球,有A42=12种情况,由分步计数原理可得,共有2×6×12=144种情况;故选D.