哈尔滨科技创新城的主要功能布局是“一城、两园、三个体系、五个产业”。
一城：科技创新城位于哈尔滨松花江以北，东与太阳岛隔街相伴，南依松花江畔，西接机场高速，北连大学科技城，总规划面积130平方公里。
两园：科技创新城由科技创新园和科技产业园“两园”组成：科技创新园规划面积20平方公里，科技产业园规划面积110平方公里。
三体系：科技创新园内划分为技术研发、项目孵化、成果转化及为科技创新配套综合服务等区域，重点构建高新技术研发、高新技术孵化、高新技术市场三个体系。
五产业：科技产业园重点发展现代电子信息产业集群、生物医药产业集群、光机电一体化产业集群、新型材料产业集群、先进能源环保产业集群等五大产业集群。
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