医院科室设置合理，内设机构60个，共有临床和医技科室36个，8个省级诊疗治疗研究中心包括吉林省肺癌诊疗中心、吉林省乳腺病治疗中心、吉林省中医肿瘤医疗中心、吉林省核医学中心、吉林省肿瘤热疗中心、吉林省肿瘤介入治疗中心、吉林省氩氦刀治疗中心、吉林省放射治疗中心。肿瘤内科和乳腺外科为吉林省优秀重点学科，中西医结合科为国家临床中医肿瘤重点专科。医院还设有两个吉林省重点实验室——血液肿瘤病实验室和临床分子生物学实验室，吉林省肿瘤防治研究所、吉林省肿瘤防治研究办公室及吉林省抗癌协会均设在医院，是北华大学、江南大学的研究生培养基地。
医院时刻将引领肿瘤最新治疗技术及推广规范化诊治的重任与后续人才培养工作紧密结合，坚持“科技建院、人才兴院”的发展方针，遵循“学术带动学科”的发展理念，长期注重医院的人才队伍建设和对年轻医生的锻炼培养，提出全方位与国际接轨，加强国内国际合作的工作思路，在学术与医疗并重的临床实践活动中不断优化队伍结构，提高人才素质，开创了吉林省肿瘤医院蓬勃快速发展的新局面。先后多次荣获国家卫生部、吉林省卫生系统及长春市卫生系统授予的荣誉称号。
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