A、非同源染色体数量越多，通过自由组合形成的非等位基因组合种类也越多，A正确；B、非同源染色体自由组合，使非同源染色体上的非等位基因之间也发生自由组合，B错误；C、等位基因位于同源染色体上，等位基因随着同源染色体分开而分离，C正确；D、染色单体分开时，姐妹染色单体上的复制而来的两个基因也随之分开，D正确．故选：B．
