A、列车在轨道上行驶，相对于轨道来说列车的位置发生了变化，是机械运动，不符合题意；B、五四爱国运动，是政治活动，不是机械运动，符合题意；C、月球绕地球公转，相对于地球而言月亮的位置发生了变化，是机械运动，不符合题意；D、河水在河中流，河水相对于河岸的位置发生了变化，是机械运动，不符合题意．故选B．
